在細胞凋亡早期，磷脂酰絲氨酸（PS）可從細胞膜的內側翻轉到細胞膜的表面，Annexin V能與PS 高親和力特異性結合。碘化丙啶（PI）是一種核酸染料，不能透過完整的細胞膜，但它可以透過凋亡中晚期的細胞和死細胞的細胞膜而與DNA結合。因此將Annexin V與PI匹配使用，就可以將凋亡早晚期的細胞以及死細胞區分開來。