當(dāng)使用的離子對(duì)試劑疏水性較強(qiáng)（如：烷基磺酸鹽）或季銨鹽試劑（如：四丁基銨）時(shí)，柱平衡通常較慢，需要注意基線(xiàn)穩(wěn)定性和保留值重現(xiàn)性。

若發(fā)現(xiàn)選擇的離子對(duì)試劑不合適而想換一種離子對(duì)試劑時(shí)，如果不更換色譜柱，最好先充分清洗掉原來(lái)色譜柱中的離子對(duì)試劑，再用新流動(dòng)相平衡色譜柱。不同的離子對(duì)試劑有不同的清洗方法，通常建議如下：

· 對(duì)于陰離子試劑：建議使用50%~80%的甲醇-水清洗；

· 對(duì)于季銨鹽類(lèi)試劑：建議使用50%甲醇-緩沖劑清洗，其中加入磷酸鉀的目的是降低試劑銨基與硅羥基發(fā)生作用。

離子對(duì)試劑對(duì)色譜柱的影響：如果使用的離子對(duì)試劑疏水性非常強(qiáng)，那么它會(huì)在固定相上產(chǎn)生持久的保留，對(duì)色譜柱產(chǎn)生不可逆的的改性。因此需要專(zhuān)柱專(zhuān)用，特別在開(kāi)發(fā)新色譜方法的時(shí)候，不要使用這種被改性過(guò)的色譜柱。

某些情況下需要嚴(yán)格控制流動(dòng)相的pH和柱溫，另外，對(duì)于要加入揮發(fā)性離子對(duì)試劑的流動(dòng)相，配制時(shí)建議在溶劑液面以下放液，避免出現(xiàn)重現(xiàn)性問(wèn)題。

使用離子對(duì)試劑的流動(dòng)相條件，有時(shí)會(huì)觀察到同時(shí)出現(xiàn)正峰和負(fù)峰的現(xiàn)象，這些峰會(huì)干擾建立方法或者日常檢測(cè)，這類(lèi)問(wèn)題主要原因是使用純度不高的離子對(duì)試劑、緩沖鹽或者其他其他流動(dòng)相添加劑等。另外，不純的離子對(duì)試劑，也影響分析物的保留時(shí)間。

使用含離子對(duì)試劑的流動(dòng)相，特別是疏水性較強(qiáng)的離子對(duì)試劑，柱平衡緩慢，如果平衡時(shí)間不夠，會(huì)出現(xiàn)保留時(shí)間漂，結(jié)果不穩(wěn)定的情況，一般建議含離子對(duì)試劑的流動(dòng)相采用等度洗脫條件，因?yàn)樽咛荻?，易出現(xiàn)基線(xiàn)波動(dòng)和保留重現(xiàn)性問(wèn)題，為保證色譜柱達(dá)到較好的平衡狀態(tài)，使用前最好能小流速過(guò)夜平衡。

較弱的離子對(duì)試劑，如：三氟乙酸、五氟丙酸酐等，這些試劑不會(huì)減慢柱平衡過(guò)程，通常用流動(dòng)相平衡10-20倍柱體積就足以達(dá)到平衡。當(dāng)樣品中同時(shí)含有酸性和堿性化合物時(shí)，這兩種離子對(duì)試劑都可能有效，但我們不能把這兩種試劑都添加到流動(dòng)相中，這些試劑之間有形成離子對(duì)的趨勢(shì)，會(huì)抵消它們對(duì)分離的凈效應(yīng)，而且同時(shí)使用兩種試劑還會(huì)使方法建立變得更為復(fù)雜。

當(dāng)需要有選擇性地增加堿性溶質(zhì)的保留時(shí)，首選的離子對(duì)試劑應(yīng)是烷基磺酸鹽，而四烷基銨鹽則在需要增加酸性溶質(zhì)的保留時(shí)應(yīng)用。