糖類分析柱的分離機制主要基于以下兩種原理：

配體交換/配位作用：這是最主流的機制。填料通常是聚合樹脂基質，表面鍵合有帶正電荷的金屬離子（如 Ca²?、Pb²?、Na? 等）。糖分子上的羥基帶有微弱的負電荷，會與金屬離子發生配位結合，不同糖分子的結合能力差異從而實現分離。

尺寸排阻：部分糖柱結合了尺寸排阻的原理，根據糖分子的大小（單糖、二糖、寡糖、多糖）進行篩選分離。

使用注意事項：

柱溫：糖柱必須80–85°C，低溫會導致端基異構體峰分裂、定量失敗

過濾：樣品必須經0.22μm濾膜過濾，糖柱極易被顆粒堵塞

保護柱：必須加同型號保護柱，每50–100次更換

純水流動相：鈣型/鉛型柱要用純水，不能加有機溶劑或緩沖液

沖洗順序：水→20倍柱體積→純水保存（鈣型）；稀酸→純水→保存（氫型）

專柱專用：糖柱不要與滅蠅胺、農藥等項目混用，避免不可逆污染

禁止過夜留鹽：緩沖鹽留柱內過夜會析出結晶堵死篩板

避免甲醇：糖類分析中甲醇可能產生干擾峰，流動相用乙腈或不用有機相