化學除磷藥劑過量：這是常見原因。若投加鐵鹽（如氯化鐵、聚合硫酸鐵）過量，未反應的鐵離子在水中水解形成氫氧化鐵膠體，使水呈現黃褐色；若投加鋁鹽過量，也可能導致水體渾濁泛黃。

污泥老化或解體：當污泥齡過長、曝氣過度或受到有毒物質沖擊時，活性污泥會發生解體，細小的污泥碎片（富含胞內色素和腐殖質）無法在二沉池沉降，隨出水流出，使水呈淡黃色或土黃色，且伴隨懸浮物升高。

工業廢水沖擊：若管網中混入印染、造紙、化工等廢水，其中的染料、木質素或特定化學物質會導致出水瞬間變色。

管道腐蝕：若出廠水管網銹蝕嚴重，鐵銹混入也會造成二次污染發黃。