調試好的奧林巴斯顯微鏡，在每次使用前，根據使用不同倍率、不同光路、不同照像系統都需要作一些調整。使用前首先接通電源。查看主機底盤下面的電壓標識盤上顯示的數字，是否符合額定輸入電壓。指示燈點亮之后先給低檔電壓頂熱燈絲。逐步加大電壓到6V或8V,把光路轉換標識盤旋到BI位置上。放置好標本。lox物鏡旋入光路。把聚光鏡轉臺置于明視野位置"CT”上。再調孔徑光欄。如果觀察反差小的標本時，孔徑光欄小些。能夠顯現出標本的反差為適宜，調整雙筒目鏡的瞳距。有些人兩眼瞳距小約52mm，有些人瞳距大些，約58mm。將雙目鏡筒的寬度調到根據個人瞳距寬度，搖到進人雙眼的視野變成一個視野為準再調視度，先用無視度調節補償環的目鏡調焦，當標本看得清晰時，再旋轉另一目鏡的視度調節補償環，使標本同樣清晰。在進行顯微照相時，把光路轉換到相機，可以看到十字線和圖框。轉動調焦螺旋使十字線變成雙條十字線。

　　較簡易的倒置奧林巴斯顯微鏡的照像系統，安裝在傾斜式雙目鏡筒的直立式單鏡筒上，這種單鏡筒上選擇適宜倍數的照像目鏡(photo長視距)。再從上面插入照像系統。當使用這種照像系統時，必須知道兩具光路轉換把柄，其一位于鏡簡頭中。拉出把柄時，全部成像光束向照像系統投射過去。推入把柄則全部成像光束投射向目鏡。第二個光路轉換把柄位于對焦接目鏡根部。這種圓筒型把柄在推入位上，只顯白色環形溝痕。在這位置上全部成像光束只投射到對焦接目鏡中，向外拉出此把柄到第二個扣位時，顯藍色環形溝痕。在這扣位上光路轉換裝置將80%的光束投向照像暗箱，而將20%的光束投向對焦接目鏡。再向外拉到第三扣位時，出現黃色環形溝痕。在這扣位上全部光束投向旁側的另一窗口。各國廠家的大型奧林巴斯顯微鏡的光路轉換裝置，每個扣位的顏色不一定相同。但只要了解了一種靠自己試探，均可學會操作。