肝內(nèi)膽管細(xì)胞癌（iCCA）是指起源于肝內(nèi)二級膽管及其分支以上的上皮腺癌，發(fā)病率占肝臟原發(fā)惡性腫瘤的10%到15%，并且在過去的幾十年中，確診病例和死亡率穩(wěn)步上升，目前主要的治療方法還是采用原發(fā)性肝癌相同的手術(shù)切除的辦法，輔以免疫檢查點(diǎn)抑制劑（ICIs）和針對腫瘤微環(huán)境（TME）的相關(guān)治療手段，但是針對無法切除的iCCA目前尚無切實(shí)有效的治療措施。

2021年底，復(fù)旦大學(xué)附屬中山醫(yī)院樊嘉院士團(tuán)隊(duì)高強(qiáng)教授、中科院上海藥物所周虎研究員、中科院分子細(xì)胞科學(xué)創(chuàng)新中心高大明研究員等合作在期刊Cancer Cell發(fā)表了題為“Proteogenomic characterization identifies clinically relevant subgroups of intrahepatic cholangiocarcinoma"的研究論文，在該研究中，樊嘉院士團(tuán)隊(duì)發(fā)現(xiàn)TP53、KRAS、FGFR2、IDH1/2、BAP1突變（融合）是肝內(nèi)膽管癌的主要驅(qū)動基因變異。

2023年7月24日，復(fù)旦大學(xué)附屬中山醫(yī)院樊嘉院士團(tuán)隊(duì)高強(qiáng)教授、林健博士與臨港實(shí)驗(yàn)室魏武研究員團(tuán)隊(duì)合作在期刊Cancer Discovery（IF=28.1）在線發(fā)表題為“An inflammatory checkpoint generated by IL1RN splicing offers therapeutic opportunity for KRAS mutant intrahepatic cholangiocarcinoma"的研究論文，該研究揭示了KRAS突變與腫瘤前炎癥有因果關(guān)系，并被認(rèn)為是腫瘤發(fā)生的驅(qū)動因素。

通過對從大量患者收集的多組學(xué)數(shù)據(jù)進(jìn)行分析，研究團(tuán)隊(duì)還發(fā)現(xiàn)KRAS突變與特定的選擇性mRNA剪接相關(guān)，該剪接與肝內(nèi)膽管細(xì)胞癌的髓系炎癥有關(guān)。之后，研究團(tuán)隊(duì)確定了一種負(fù)反饋機(jī)制，即白細(xì)胞介素1受體拮抗劑(IL1RN)-201/203由于選擇性剪接而上調(diào)，從而在KRAS突變體iCCA中發(fā)揮重要的抗炎作用。在KRAS突變的iCCA小鼠中，IL1RN-201/203上調(diào)和Anakinra（阿那白滯素）治療都通過改變中性粒細(xì)胞募集和表型來點(diǎn)燃顯著的抗腫瘤免疫反應(yīng)；此外，阿那白滯素治療協(xié)同增強(qiáng)了抗PD-1治療，激活了KRAS突變的iCCA小鼠腫瘤內(nèi)的GZMB+CD8+T細(xì)胞。在臨床上，研究團(tuán)隊(duì)發(fā)現(xiàn)，在KRAS突變的iCCA患者中，IL1RN-201/203的高水平與抗PD-1免疫治療的良好反應(yīng)密切相關(guān)。

圖：這項(xiàng)研究的總體設(shè)計(jì)思路和實(shí)驗(yàn)方法

研究團(tuán)隊(duì)使用了大量的高通量數(shù)據(jù)，包括來自iCCA隊(duì)列和公共數(shù)據(jù)庫的完整外顯子組測序（WES）、批量RNA測序（RNA-seq）和BD單細(xì)胞測序（scRNA-seq），這些分析結(jié)果證實(shí)了KRAS突變和腫瘤之間的因果聯(lián)系，即促進(jìn)炎癥是iCCA的關(guān)鍵驅(qū)動因素。研究團(tuán)隊(duì)發(fā)現(xiàn)了一個新的炎癥檢查點(diǎn)，該檢查點(diǎn)由IL1RN的mRNA選擇性剪接產(chǎn)生，它可以通過調(diào)節(jié)中性粒細(xì)胞的募集和極化來抑制KRAS突變介導(dǎo)的炎癥信號級聯(lián)反應(yīng)、腫瘤進(jìn)展和ICI抵抗。這些發(fā)現(xiàn)表明，IL1RN選擇性剪接可能是治療KRAS突變癌癥的有效靶點(diǎn)。

圖：IL1RN-201/203轉(zhuǎn)錄本的負(fù)反饋及其在ICCA中的下游功能示意圖

文中，研究團(tuán)隊(duì)也應(yīng)用Absin多重?zé)晒饷庖呓M化技術(shù)（mIHC），對模型小鼠做了一些蛋白層面的染色驗(yàn)證。

圖：IL1RN-201/203或Anakinra治療組在Yak和KP小鼠中CD8+T細(xì)胞的滲透顯著增加

圖：與IL1RN_MX PSIlow KRAS突變樣本相比，IL1RN_MX PSIlow KRAS突變樣本的CXCR4+和LSP1+中性粒細(xì)胞密度略有下降，而CXCL2+中性粒細(xì)胞和GZMB+CD8+T細(xì)胞密度增加

本研究全面介紹了選擇性mRNA剪接的情況，并確定了由IL1RN選擇性剪接產(chǎn)生的新的炎癥檢查點(diǎn)，這為治療KRAS突變的iCCA提供了一種有效的選擇。更廣泛地說，對這種類型的負(fù)反饋環(huán)路的深入研究將有助于揭示KRAS突變癌癥的生物學(xué)，從而推動對這些受影響患者的靶向策略的探索。

[1] Dong L, Lu D, Chen R, Lin Y, Zhu H, Zhang Z, Cai S, Cui P, Song G, Rao D, Yi X, Wu Y, Song N, Liu F, Zou Y, Zhang S, Zhang X, Wang X, Qiu S, Zhou J, Wang S, Zhang X, Shi Y, Figeys D, Ding L, Wang P, Zhang B, Rodriguez H, Gao Q, Gao D, Zhou H, Fan J. Proteogenomic characterization identifies clinically relevant subgroups of intrahepatic cholangiocarcinoma. Cancer Cell. 2022 Jan 10;40(1):70-87.e15. doi: 10.1016/j.ccell.2021.12.006. Epub 2021 Dec 30. PMID: 34971568.

[2] Zhang M, Huang Y, Pan J, Sang C, Lin Y, Dong L, Shen X, Wu Y, Song G, Ji S, Liu F, Wang M, Zheng Y, Zhang S, Wang Z, Ren J, Gao D, Zhou J, Fan J, Wei W, Lin J, Gao Q. An inflammatory checkpoint generated by IL1RN splicing offers therapeutic opportunity for KRAS mutant intrahepatic cholangiocarcinoma. Cancer Discov. 2023 Jul 24:CD-23-0282. doi: 10.1158/2159-8290.CD-23-0282. Epub ahead of print. PMID: 37486241.

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