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做WB實驗常常感覺在玩一場“躲貓貓"的游戲，條帶不知道跑到哪里去了，怎么找就是不出來！做了很多優化調整，請教了數位師哥師姐，隔壁師姐還是做不好，一直處于“摸瞎瞎"狀態，沒有進展，這是為什么？
其實做WB前，你需要做一次WB設計！沒聽錯，裝修需要設計，WB也需要設計！那如何做這個設計呢？
第一件要做的事情就是知己知彼！
我們需要了解目標蛋白哪些信息呢？
目標蛋白的名字
目標蛋白在哪些組織中表達，是否具有特異性
目標蛋白的分子量
目標蛋白在細胞中的表達位置及表達量
是否有相應的抗體
如何獲取這些信息呢？最重要的方法當然是文獻查詢（此處省略若干字），文獻中查不到的內容怎么辦？我們還可以借助信息生物學方法及一些產品信息幫助我們獲取信息。
當然還可以利用一些產品信息進行查詢。（以下是偷懶的方法，罪過罪過）
了解了目標蛋白以上內容后，我們如何對WB進行設計呢？
1.首先明確好實驗目的，為什么要做這個WB實驗？要驗證哪些問題？
想證明這個已知蛋白的表達？還是要做目標蛋白在細胞幾個不同組分中表達量的對比？或者是進行蛋白定位或研究蛋白轉運過程？
2.明確好實驗目的后，根據查詢的目標蛋白的表達量情況及細胞定位，確定提取哪部分的蛋白，用什么方法進行提取？
例如：
*目標蛋白表達量不高，且是小分子量蛋白，或是膜蛋白，想證明蛋白的表達，這類蛋白很難提取，容易丟失在RIPA不可溶組分中， 那么就要選擇更合適的柱式法進行總蛋白提取。
*目標蛋白在胞質和胞核內均有表達，想驗證目標蛋白在兩個不同組分中表達量的對比，那就需要進行細胞樣品的胞質胞核組分分離，分別用胞質和胞核蛋白組分檢測。
*目標蛋白在內質網上，蛋白表達量較低，用總蛋白驗證檢測條帶較弱，需要進行細胞樣品內質網蛋白富集后再檢測，提高檢出效率。
*研究蛋白定位或研究蛋白轉運過程，那就需要進行細胞組分分離，那就分別檢測細胞核，細胞漿，細胞器，細胞膜，內體等組分。
3.蛋白制備方法考慮好后，要根據目標蛋白分子量及定位選擇相應的內參，并確定使用多大的膠進行SDS-PAGE，使用蛋白Marker的分子量范圍。
4.根據實驗目的，設計對照及上樣順序
例如：做目標蛋白在胞質胞核中表達量對比實驗，首先我們將胞質和胞核蛋白分離，確定對照組的順序后，胞質胞核蛋白樣品應同時上樣到一塊膠中，這樣保證WB所有條件一致，才可說明蛋白表達量的差異和趨勢，若在不同膠中，孵育曝光等條件無法統一，得出的結論會導致偏差。另外，做組分分離的實驗最好加一組Total蛋白，作為對照更為嚴謹。
