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82855-40-1，6-JOE常用于自動化DNA測序中的熒光標記探針
閱讀：111 發布時間：2025-7-236-JOE（6-羧基-4',5'-二氯-2',7'-二甲氧基熒光素）是一種常用的熒光染料，廣泛應用于DNA測序、實時熒光定量PCR（qPCR）、生物共軛等領域。
CAS：82855-40-1
英文名：6-JOE
分子式：C23H14Cl2O9
分子量：505.26
規格標準：1mg、5mg、10mg
試劑廠家：陜西新研博美生物科技有限公司
相關應用：
DNA測序：6-JOE是一種常用的熒光標記染料，適用于自動化DNA測序。
實時熒光定量PCR（qPCR）：可用于構建雙標記探針，如TaqMan探針，與淬滅基團（如BHQ-1）聯用，實現高靈敏度的實時PCR檢測。
生物共軛：可用于標記含氨基的生物分子（如蛋白質、寡核苷酸），用于熒光標記。
使用方法：
1. DNA測序
6-JOE常用于自動化DNA測序中的熒光標記探針。
探針標記：
將氨基修飾的寡核苷酸溶于pH 8.5的碳酸鹽緩沖液中。
按照10倍摩爾量加入6-JOE SE（琥珀酰亞胺酯）的DMSO溶液。
室溫避光反應2小時。
通過凝膠過濾層析（如Sephadex G-25柱，PBS洗脫）或超濾離心（如Amicon Ultra離心管，3–10 kDa截留分子量）純化，去除游離染料。
四色系統配置：
6-JOE標記的片段在550 nm處檢測，與FAM（藍色）、TAMRA（黃色）、ROX（紅色）區分。
2. 實時熒光定量PCR（qPCR）
6-JOE可用于構建雙標記探針，如TaqMan探針。
探針設計：
選擇合適的引物和探針序列，確保探針與目標DNA序列互補。
探針的5'端標記6-JOE，3'端標記淬滅基團（如BHQ-1）。
反應體系：
在反應體系中加入標記好的探針、引物、dNTPs、Taq酶和模板DNA。
按照標準的qPCR程序進行擴增，通常為93℃預變性3-5分鐘，然后進入循環擴增階段：93℃ 40秒 → 58℃ 30秒 → 72℃ 60秒，循環30-35次。
3. 蛋白質與細胞標記
6-JOE可用于標記抗體或其他蛋白質。
抗體標記：
將1 mg抗體溶于0.1 M NaHCO?（pH 9.0）中。
加入10倍摩爾量的6-JOE SE/DMSO溶液。
4℃反應4小時。
通過凝膠過濾純化，去除未結合的染料。
4. 熒光傳感器構建
6-JOE可用于構建分子信標和FRET探針。
分子信標：
6-JOE作為報告基團，與淬滅基團連接于發夾DNA的兩端。
當分子信標與目標核酸雜交時，熒光恢復。
FRET探針：
6-JOE可與Cy3/Cy5等熒光團配對，用于檢測蛋白相互作用，能量轉移效率可達80%以上。
結構式：
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