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CAL Fluor Orange 560 C6 dT Amidite可用于合成寡核苷酸的5'端或內部標記
閱讀：57 發布時間：2025-10-27化學性質：
CAL Fluor Orange 560 C6 dT Amidite 是一種用于寡核苷酸合成的熒光標記試劑。它將 CAL Fluor Orange 560 熒光團通過一個六碳鏈連接到胸腺嘧啶（dT）上，適用于標記寡核苷酸的 5'-端或內部。該熒光團在可見光譜的黃橙色區域發光。
基本參數：
中文名：CAL Fluor Orange 560 C6 dT 亞磷酰胺
英文名：CAL Fluor Orange 560 C6 dT Amidite，Cal Fluor Orange 560 C6 dT Amidite
分子式：C78H95F6N9O13P2
分子量：1542.58
規格標準：1mg、5mg、10mg
試劑廠家：陜西新研博美生物科技有限公司
合成方法：
在寡核苷酸合成過程中，CAL Fluor Orange 560 C6 dT Amidite 可以直接用于 5'-端或內部標記。使用時，建議在溫和的脫保護條件下進行，以避免熒光團的降解。具體步驟如下：
溶解：將 CAL Fluor Orange 560 C6 dT Amidite 溶解在無水、無醇的二氯甲烷或乙腈中，濃度為 100 μmol/mL。
偶聯：建議偶聯時間為 15 分鐘。使用快速脫保護的亞磷酰胺，如 ETT（LK3140/2/5）作為活化劑。
切割與脫保護：在 2-甲氧基乙胺/甲醇（1:3）溶液中，60°C 下反應 3 小時或 25°C 下反應 6 小時。過濾樣品并蒸發上清液，將標記的寡核苷酸溶解在水中。避免使用強堿，如濃氨水，因為這會導致熒光團降解。
相關應用：
CAL Fluor Orange 560 C6 dT Amidite 廣泛應用于實時定量 PCR 的雙標記熒光探針中。它是一種替代 VIC 和 HEX 的熒光團，可以被 BHQ-1 猝滅。這種熒光團在分子信標、5'-核酸酶測定等基因組學分析中也有廣泛應用。
結構式：
相關試劑產品：
Bz-5-Methyl-C-CE, 2'-MOE Phosphoramidite
EDTA-C2-dT CE-Phosphoramidite
5'-Thiol Modifier C6 S-S CE-Phosphoramidite
2'-OMe-A (Bz) CE-Phosphoramidite
Psoralen-C2 CE-Phosphoramidite
5'-Thio-dI CE-Phosphoramidite
TFA-Amino C7 Multiaddition CE-Phosphoramidite
N2-Ethyl-dG CE-Phosphoramidite
5-Hydroxy-dU CE-Phosphoramidite
5-Ethynyl-Uridine CE-Phosphoramidite
5-Ethynyl-dU CE-Phosphoramidite
5-Hydroxymethyl-dC CE-Phosphoramidite
dR TFA-Amino Modifier C6 CE-Phosphoramidite (alpha)
5,N4-Etheno-dC CE-Phosphoramidite
Amino Modifier 15-dT CE-Phosphoramidite
N2-Ethyl-dG CE-Phosphoramidite
5'-MMT-Amino Modifier C12 CE-Phosphoramidite
2-Aminopurine Riboside CE-Phosphoramidite
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