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5’TAMRA C12 Amidite (5-Isomer)是一種用于核酸合成的亞磷酰胺試劑
閱讀：44 發布時間：2025-10-29熒光特性：
吸收和發射波長：5’TAMRA C12 Amidite (5-Isomer) 的吸收波長為555 nm，發射波長為576 nm。
化學性質：
5’TAMRA C12 Amidite (5-Isomer) 是一種用于核酸合成的亞磷酰胺試劑，主要用于在寡核苷酸的5'末端摻入TAMRA（羅丹明）熒光染料，并帶有C12間隔區。
基本參數：
中文名：5'-TAMRA-C12 亞磷酰胺（5-異構體）
英文名：5’TAMRA C12 Amidite (5-Isomer)，5-[N-1-dodecyl-12-O-(2-cyanoethyldiisopropylphosphoramidite)]-Tamra Carboxamide
分子量：814.19
Ex(nm)：555
Em(nm)：576
規格標準：1mg、5mg、10mg
試劑廠家：陜西新研博美生物科技有限公司
制備方法：
1. 5-TAMRA的合成
步驟1：在圓底燒瓶中，將4-(4-(dimethylamino)-2-hydroxybenzoyl)isophthalic acid（1.94 g，5.9 mmol，1.0 eq）和3-dimethylaminophenol（1.05 g，7.7 mmol，1.3 eq）溶解在DMF（20 mL）中。
步驟2：加入三甲基硅基聚磷酸溶液（6 mL）并回流3小時。
步驟3：在真空下除去溶劑，將殘渣溶解在5% NaOH（20 mL）中，室溫攪拌過夜。
步驟4：用水（75 mL）稀釋混合物，用濃HCl（5 mL）沉淀產物。
步驟5：過濾固體，用冷水（50 mL）洗滌，并在60°C下干燥過夜，得到紫色固體5-TAMRA，產率為39.5%（1.0 g）。
步驟6：產物直接用于下一步，未進行進一步純化。通過ESI-MS和1H NMR對產物進行了表征，ESI-MS顯示m/z為431.0，與理論值431.2相符；1H NMR譜圖顯示了產物的特征峰。
2. 5’TAMRA C12 Amidite (5-Isomer)的合成
步驟1：以5-TAMRA為起始原料，通過化學反應引入C12間隔臂。具體方法是將5-TAMRA與C12間隔臂的前體化合物進行偶聯反應，形成中間體。
步驟2：對中間體進行保護基團的修飾，通常使用DMT（4,4'-二甲氧基三苯甲基）保護基團來保護5-TAMRA的羧基，防止其在后續反應中發生不必要的反應。
步驟3：將保護后的中間體與2-氰乙基二異丙基氯化磷酰胺（N,N-diisopropyl-2-cyanoethylphosphoramidite）進行磷酰胺化反應，生成5’TAMRA C12 Amidite (5-Isomer)。
步驟4：通過純化步驟，如柱色譜法，去除未反應的原料和副產物，得到高純度的5’TAMRA C12 Amidite (5-Isomer)。
相關應用：
5’TAMRA C12 Amidite (5-Isomer) 是一種用于在寡核苷酸的5'端添加TAMRA（羅丹明）熒光染料的亞磷酰胺試劑。它帶有C12間隔區，可以有效減少熒光標記對核酸功能的干擾。這種標記方式廣泛應用于以下領域：
熒光探針合成：用于合成熒光探針，這些探針可用于檢測特定的核酸序列。
實時PCR：在實時PCR中，TAMRA標記的探針可以用于定量分析目標基因的表達水平。
熒光原位雜交（FISH）：標記后的寡核苷酸可用于FISH實驗，用于細胞或組織中的核酸定位。
結構式：
相關試劑產品：
5'-TAMRA Amidite (N-TAMRA-Piperidinyl), 6-Carboxy Single Isomer
Si-TAMRA-6-Me-tetrazine
5-TAMRA-DBCO
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DSPE-PEG-6-TAMRA
5-TAMRA-PEG4-DBCO
TAMRA-C9-Suc-CPG Column, 5-Carboxy Single Isomer
Si-TAMRA-6-tetrazine
TAMRA-stearic acid
5-TAMRA-PEG3-N3
TAMRA-dT CE-Phosphoramidite
TAMRA-PEG4-Methyltetrazine
5-TAMRA-PEG4-Methyltetrazine
DBCO-PEG4-TAMRA
Si-TAMRA-6-COOH
TAMRA-Phos-CPG, 6-Carboxy Single Isomer (5'-DMT-mdC(TEG-TAMRA)-Phos-CPG)
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