由于抗原-單抗復合物的 X-射線晶體學分析涉及抗原和單抗的純化、抗原-單抗復合物的形成與純化以及復合物的晶體學解析等,需要專業技術和大量資金支持;這對于一些可溶性的簡單抗原來說就常常是一項難以完成的任務,而對于許多復雜抗原(如膜蛋白)而言則更加困難。因此,雖然目前已經鑒定到成千上萬的單克隆抗體,但只有少數 B 細胞表位通過抗原-抗體復合物的X-射線晶體學分析方法得到解析。
這種B細胞表位作圖方法的不足之處在于其只能鑒定到30?60個氨基酸殘基的表位片段,不能進行表位的精確定位。雖然氕/氘交換-質譜技術提高了其表位作圖的精確度,但仍低于基于X-射線晶體學技術和冷凍電鏡技術的表位作圖方法的精確度。經過 25 年的發展,隨著樣品處理技術的提高和*質譜儀的問世,基于質譜技術的 B 細胞表位作圖所需的樣品量更低,可以在不降低準確性的前提下分析更加復雜的抗原樣品。
基于質譜技術的 B 細胞表位作圖方法不再僅限于利用單克隆抗體的表位鑒定,已經擴展到利用多克隆抗體的 B 細胞表位作圖。表面等離子共振技術近年來迅速發展并應用到生物分子相互作用的研究領域。該技術不僅具有無需標記、特異性強、靈敏度高、樣品用量小的優點,而且可實現在線連續實時檢測。
基于表面等離子共振技術的 B 細胞表位作圖類似于ELISA技術,雖然其B細胞表位作圖的分辨率低于基于 X-射線晶體學技術和冷凍電鏡技術的表位作圖方法的分辨率,但其可以快速、高通量地進行系列抗原突變體或片段與單抗的結合能力的分析。表面等離子共振技術單獨或與噬菌體展示技術等其它B細胞表位作圖技術結合已經用于多種抗原分子的 B 細胞表位作圖研究。