藥物研發的早期階段,篩選化合物是個苦差事。傳統的高通量篩選(HTS)像流水線上的質檢員:把候選藥物加到細胞里,測一個指標——通常是細胞是死是活,或者某個特定蛋白的活性。結果出來了,要么有效,要么無效。簡單,直接,但丟掉了大量信息。
高內涵分析,看見更多
高內涵分析(HCA)換了個思路。它不滿足于一個終點數據,而是想看看藥物對細胞到底做了什么——細胞核變大了還是變小了?某個蛋白從細胞膜跑到了細胞質里?線粒體的網絡結構是否斷裂?這些變化需要一雙看得足夠細致的眼睛,還得有本事從成千上萬個細胞里把這些特征一個一個數出來。
以橫河電機的CellVoyager系列為例。CQ1、CQ3000到CV8000,它們的核心是一套高速轉盤共聚焦顯微鏡。CQ1是緊湊型臺式系統,適合常規實驗室;CQ3000增加了水浸物鏡和雙攝像頭選項,可以同時拍兩個顏色;CV8000則是功能更全面的篩選平臺,最多能裝四個攝像頭,一個96孔板一分鐘內完成四色成像。
這些系統都采用Nipkow轉盤技術。一個盤上密布約兩萬個微透鏡,另一個盤上有對應的針孔陣列。多光束并行掃描,每秒能捕捉上千幀圖像,而且光毒性極低——細胞在鏡頭下連續觀察幾天,依然能正常分裂。CQ3000甚至能以每秒100幀的速度捕捉心肌細胞的搏動,把鈣信號的快速波動完整記錄下來。
從2D到3D,從死細胞到活細胞
HTS大多在培養皿的單層細胞上做,加藥、孵育、讀板,一氣呵成。但人體內的細胞生長在三維環境中,被細胞外基質包裹,與鄰居有物理接觸。二維培養的結果經常在三維驗證階段失效。
高內涵分析系統有能力直接對球體、類器官等3D模型成像。CQ1可以對96孔板里的球體進行三維掃描和量化分析,無需把細胞從培養皿里取出來。CV8000配備的高數值孔徑水浸物鏡,專為穿透較厚的樣本設計,拍出的類器官圖像層次分明。物載培養箱內置在系統中,溫度、濕度、二氧化碳濃度精準控制,HeLa細胞在其中培養72小時,增殖曲線與常規培養箱幾乎重合。
信息量不在一個量級
HTS的讀數通常是一個數值——熒光強度、發光值。它回答的是“有沒有效果”這個二元問題。HCA產生的數據則豐富得多:每個細胞可以提取出數百個特征參數——大小、形狀、紋理、熒光強度分布、亞細胞定位等等。以細胞繪畫(CellPainting)實驗為例,用多種熒光染料分別標記細胞核、內質網、線粒體、肌動蛋白等結構,一次實驗就能獲得細胞形態的全局視圖。結合機器學習算法,研究者可以從圖像中自動識別出藥物誘導的表型變化,甚至發現意料之外的效應。
CellPathfinder分析軟件內置了機器學習和深度學習模塊。研究者手動圈出幾張典型圖像,軟件學會特征后,自動從數萬張圖片里挑出同類對象。對于明場圖像這類無染色的樣本,CE明場功能通過計算生成類似熒光染色的效果,讓無標記分析成為可能。
自動化的層次不同
HTS早已實現全自動化:機械臂取板、洗板、加樣、讀板,全程無人值守。HCA的自動化更復雜一些。CV8000集成了機器人移液器,可以在成像中途自動添加藥物,捕捉細胞對刺激的即時反應。目標搜索功能先用低倍鏡掃描整個孔,根據預設條件鎖定目標位置,再切換高倍鏡精細成像——這在類器官篩選中尤其有用,因為不是每個孔里都能長出大小均勻的球體。
互補而非替代
HTS和HCA不是非此即彼的選擇。前者的價值在于速度:一天之內篩選幾十萬個化合物,快速縮小候選范圍。后者的價值在于深度:對少數化合物進行精細的表型分析,判斷是否值得推進到動物實驗。一個典型的策略是:先用HTS找出初步活性的化合物,再用HCA評估它們對細胞形態、細胞器結構的影響,剔除那些有明顯毒性或脫靶效應的分子。
從CQ1到CQ3000到CV8000 ,橫河電機的產品線覆蓋了不同通量、不同復雜度的應用場景。它們的共同點是對活細胞的尊重——低光毒性、穩定的培養環境、長時間的動態追蹤。這背后是一個簡單的理念:讓藥物研發的決策,建立在更接近生理狀態的細胞信息之上。
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