這類儀器自動化程度高，通常用于大批量或要求高重現性的樣本前處理。
基本原理： 通過機械振蕩、電磁攪拌或氣壓鼓泡等方式，在封閉的萃取瓶中實現兩相充分接觸，并配備自動放氣、自動分離功能。
典型操作步驟（以常見型號為例，具體請以儀器說明書為準）：
1. 開機與設置
  連接電源、氣源（如需要）。打開儀器電源開關。
  在觸摸屏或控制面板上設置萃取參數：
  振蕩時間： 通常設置為5 30分鐘。
  靜置時間： 通常設置為5 20分鐘（視乳化程度調整）。
  振蕩頻率/強度： 一般有低、中、高擋位。
  萃取次數： 設置重復萃取次數。
2. 裝樣與安裝
  將分液漏斗（或專用萃取瓶）洗凈并晾干。
  關閉活塞，依次加入水相樣品和有機萃取劑。
  蓋緊瓶塞（通常帶有密封墊或螺紋蓋）。確保安裝牢固，防止漏液或瓶體飛出。
  將萃取瓶正確放入儀器的夾具中。注意卡緊，確保振蕩時不會松脫。
3. 啟動萃取
  按下“啟動"或“開始"按鈕。儀器開始自動執行設定的振搖、放氣、靜置程序。
  無需手動放氣： 自動化儀器通常具有自動放氣功能（通過微孔或電磁閥），可自動安全釋放內部壓力。
4. 結束與分離
  程序結束后，儀器通常靜止。取出萃取瓶。
  此時兩相已*全分層。將萃取瓶放置在專用支架上。
  按照手動操作的原理，打開上塞，旋開下部活塞放出下層液，或將上層液從上口倒出。也可使用抽液泵、自動分液閥等進行更高效的轉移。
5. 清洗與收尾
  關閉電源、氣源。
  拆卸萃取瓶，用適當的溶劑（如丙酮、乙醇）清洗，再用蒸餾水沖洗干凈，晾干備用。
  檢查并清除儀器內壁可能殘留的液滴或污漬。
關鍵注意事項：
  閱讀說明書： 不同品牌、型號的自動萃取儀在夾具設計、放氣方式、分離方式上有差異，務必先仔細閱讀儀器說明書。
  樣品處理量： 注意儀器標注的最大處理量，不要滿載。通常建議不超過瓶體容積的2/3。
  有機溶劑耐受性： 確保儀器與所用有機溶劑兼容（如聚四氟乙烯密封圈、玻璃瓶體等）。
  防乳化： 自動萃取通常振蕩更劇烈，更容易產生乳化。可嘗試降低振蕩頻率或增加靜置時間。