
懸浮細胞因其在培養液中均勻分布、無需消化即可直接收集的特點,在多種下游實驗中具有先天優勢。本章節將聚焦懸浮細胞常用的兩大下游實驗——流式細胞術檢測與RNA提取,系統梳理從樣品制備到實驗完成的核心步驟與關鍵注意事項。
流式細胞術是分析懸浮細胞表面標志物、細胞周期、凋亡狀態等特性的重要工具。懸浮細胞因無需消化,樣品制備更為簡便快捷。
首先收獲細胞,制備單細胞懸浮液。根據細胞數量和體積,將懸液轉移到96孔板、試管或Falcon流式管中。需注意的是,如果細胞未經任何處理直接上機檢測,所有步驟應在冰上操作,并使用4℃預冷的試劑,以防止細胞表面蛋白的內化。
確定細胞總數并檢查細胞活力。一般來說,細胞存活率應達到90%~95%方可進行流式分析。如果用于凋亡檢測,則需在染色后盡快完成檢測,通常宜在1小時內完成。
在4℃下以約200g離心5分鐘,棄上清后,在冰冷的懸浮緩沖液中重懸細胞沉淀。推薦的懸浮細胞濃度為0.5-1×10?個/mL。離心力和時間可能需要根據細胞類型進行優化——應充分離心以便去除上清液,但離心力不宜過大,以免細胞難以重懸。
注意:較高細胞濃度可能會堵塞流式細胞儀系統并影響分辨率。
死細胞容易與抗體發生非特異性結合,必須在分析時排除。活力染料(如7-AAD、DAPI等)無法穿透活細胞的完整細胞膜,只能對死細胞進行染色。
染色步驟:根據制造商說明,在4℃避光條件下用活力染料孵育細胞。選擇發射光譜不與免疫染色所用熒光團重疊的染料。染色后,用洗滌緩沖液洗滌細胞兩次(200g離心5分鐘,4℃),每次洗滌后重新懸浮沉淀。
注意:DAPI等活力染料不能用于固定細胞后的活/死染色,因為固定過程會損害所有細胞的細胞膜,導致假陽性。此時應使用胺反應性可固定細胞活力染料
將細胞重懸后,加入相應的熒光素偶聯抗體,孵育后洗去未結合的抗體,用流式PBS重懸細胞于流式管中,即可上樣分析。
防止細胞損傷:避免出現氣泡、劇烈渦旋、更換緩沖液時吸出全部溶液以及過度離心
細胞染色后須盡快完成檢測,通常宜在1小時內完成-
將熒光團保存在黑暗中以避免光漂白
懸浮細胞在RNA提取中具有獨特優勢——無需胰酶消化,可直接離心收集,避免了消化過程對細胞狀態的影響。
將細胞懸液轉移至離心管中,室溫下以1000 rpm離心6分鐘,棄去上清。參考不同來源方法,也可采用12000 rpm 4℃離心2分鐘收集細胞,之后用預冷的1×PBS清洗兩次-。
對于懸浮細胞,可直接用吸管或移液槍吹打培養瓶壁,使細胞充分懸起,然后離心去上清,不需要用PBS提前洗滌-。隨后加入Trizol裂解液,每5-10×10?個細胞加入1ml Trizol,反復用移液槍吹打或劇烈震蕩以裂解細胞。
將混合好的樣品全部移至1.5ml EP管中,室溫靜置5分鐘。加入0.2ml氯仿(每1ml Trizol),蓋好管蓋,劇烈振蕩(上下顛倒)15秒,室溫靜置2-3分鐘。
2-8℃下以10500 rpm離心15分鐘。此時樣品分為三層:上層無色水相含RNA,中間層為蛋白質,下層有機相含DNA。小心取上層水相(約0.5-0.55ml)移至新的離心管中,注意不要觸及中間界面。
在上清中加入等量的異丙醇,顛倒混勻5次,室溫靜置10分鐘。2-8℃下以10500 rpm離心10分鐘,棄上清,可見RNA沉淀于管底。
加入1ml75%乙醇洗滌沉淀,輕輕彈起管底,2-8℃下以8500 rpm離心5分鐘,棄上清。
將EP管敞開放在濾紙上,管口朝向酒精燈方向,室溫干燥(注意不要完-全干燥,否則RNA不易溶解)。用DEPC水溶解RNA(約30μl),分裝后取2μl電泳檢測完整性、2μl進行濃度測定,其余分裝保存于-20℃備用。
l 防止RNase污染:全程戴好口罩和手套,使用無RNase的槍頭、離心管等耗材
l 試劑安全:Trizol含有酚等有害物質,注意個人防護,操作應在通風良好的環境中進行
l 細胞裂解充分:確保移液管反復吹打直至細胞完-全溶解
l 避免DNA污染:相分離時切勿吸取中間蛋白層和有機相
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