細胞分析實驗室里，CCL1 常被當作“趨化因子"來討論；真正讓儀器工程師熬夜的，卻是它背后那臺單細胞測序儀。把機器跑通、數據跑準，比任何綜述都值錢。

1. 開機前 30 min：環境自檢清單

• 溫度 22 ± 1 °C，濕度 45–55 %RH，記錄到 LIMS

• 激光器冷卻水壓力 ≥ 0.35 MPa，否則下一步直接報錯 0x0A17

• 鞘液桶剩余量 ≥ 20 %，桶壁無氣泡；氣泡=堵孔=數據丟 30 %

• 負壓表讀數 ?0.55 bar，偏差 0.02 就重新校準，別等跑樣一半再調

2. 芯片裝載：一次錯位，整板報廢

1. 把 10× Genomics Chip G 從 4 °C 取出，平放 5 min 去冷凝水

2. 按住兩側卡扣，水平推入進樣槽，聽到“咔嗒"才算鎖死

3. 在軟件里點“Load"，觀察攝像頭畫面：通道內液面呈一條直線，無分叉

4. 一旦出現“波浪紋"，立即退出，換新芯片；強行繼續會讓 GEM 生成率掉到 60 % 以下

3. 上樣密度：每 μL 多少個細胞劃算

• 目標捕獲 6 000 細胞，按 60 % 回收率倒推，上樣 10 000 細胞

• 用 AO/PI 熒光計數，活率 ≥ 85 %；死細胞多→游離 RNA 多→背景噪音高

• 細胞直徑 ＞ 30 μm 時，先用 40 μm 濾網過濾，防止堵塞微閥

• 懸液濃度調到 700–1 200 細胞/μL，體積 40 μL；濃度過低，GEM 生成不穩，數據稀疏

4. 實時質控：三燈兩圖一曲線

5. 跑后清洗：別讓 PEG 結晶毀了閥

1. 立即用 0.5 % NaOCl 沖洗 10 min，分解殘留 PEG

2. 再用 DI 水 15 min，保證電導率回到 1 μS/cm

3. 卸下芯片，用無塵布蘸 70 % 乙醇單向擦拭表面，禁止來回擦

4. 每周做 1 次 10 % Contrad 70 浸泡，過夜，去蛋白

5. 關機前，把泵速降到 1 μL/min，讓管路充滿 0.02 % NaN? 防腐

6. 數據交付：從 FASTQ 到細胞矩陣 3 步走

• 用 CellRanger 7.2 對齊，參考基因組加 CCL1 轉錄本補丁，避免漏讀

• 設定 --expect-cells=6000，強制軟件按此范圍回收，減少雙細胞污染

• 輸出 filtered_feature_bc_matrix 直接扔進 Seurat v5，SCTransform 一鍵歸一化，節省 40 % 下行分析時間

7. 常見故障 24h 響應表

8. 保養周期：把“大修"拆成 5 min 小動作

• 每日：擦外殼，倒廢液，記錄壓力值

• 每周：做滿漂白-水-乙醇三部曲，拍照上傳云端

• 每月：拆下微閥板，顯微鏡檢劃痕，＞50 μm 裂紋就下單備件

• 每季度：激光功率計實測，偏差 5 % 以內寫進報告，超了就預約原廠校準