新方法|卵巢癌HGSC類器官3D共培養模型:14天維持,兼容scRNA-seq
卵巢高級別漿液性癌(HGSC)是卵巢癌中臨床挑戰突出的重要亞型。由于早期癥狀不典型,不少患者確診時已處于進展期。更棘手的是:初始治療常可獲得一定療效,但復發和治療抵抗仍是HGSC治療中的核心難題。
兇手之一,藏在腫瘤旁邊那片長期被忽視的"土壤"里——腫瘤微環境(TME)。癌細胞從不孤軍奮戰,CAF、間皮細胞、脂肪細胞和細胞外基質共同構成復雜的腫瘤微環境,可能影響癌細胞的生長、互作、藥物反應以及轉移相關行為。傳統二維培養便于操作,但難以充分保留患者腫瘤的遺傳復雜性和微環境特征。
如何在體外重建一座更接近腫瘤微環境的“癌巢”?近日,來自丹麥哥本哈根大學BRIC的Krister Wennerberg、Lidia Moyano-Galceran等研究者在方法學期刊《STAR Protocols》上發表了一套完整方案“Protocol for generating an in vitro 3D multicellular culture model of ovarian high-grade serous carcinoma”:將患者來源類器官與腫瘤微環境組分整合,構建出一個可用于高通量藥物敏感性檢測與單細胞 RNA 測序、并可在體外維持至少14天的三維多細胞培養模型(MC模型)。
模型核心價值:把腫瘤細胞、基質細胞和細胞外基質重新放回同一個三維體系,使研究者能在更接近轉移灶生態位的環境下觀察腫瘤生長、細胞互作和藥物反應,并開展高通量藥敏測試與單細胞RNA測序。

圖1 研究流程總覽:該protocol將患者來源基質細胞建立、多細胞模型組裝、384孔藥敏測試和scRNA-seq處理串聯為一條完整實驗鏈。圖1研究流程總覽:該protocol將患者來源基質細胞建立、多細胞模型組裝、384孔藥敏測試和scRNA-seq處理串聯為一條完整實驗鏈。
01 研究亮點
(1)更接近腫瘤生態:將患者來源卵巢癌類器官與CAF、間皮細胞、I型膠原和Cultrex基質組合,重建HGSC相關三維微環境;脂肪細胞凝膠可作為可選模塊加入,用于更好模擬大網膜脂肪環境。
(2)樣本來源更靈活:除新鮮腫瘤組織外,也可利用冷凍腫瘤組織消化物和腹水來源富集細胞懸液建立CAF或間皮細胞培養,提高珍貴臨床樣本利用率;脂肪細胞則需從新鮮腫瘤組織中分離并短期培養。
(3)微環境重建:模型含15%基質細胞(12.5%CAF+ 2.5%間皮細胞),脂肪細胞凝膠可作為可選模塊加入,以模擬大網膜轉移灶的脂肪環境。
(4)多維讀出:支持免疫熒光成像、mCherry標記類器官追蹤、高內涵成像藥敏測試及scRNA-seq分析,可同時觀察癌細胞和基質細胞反應。
(5)轉化潛力:384孔板微型化方案支持12天藥敏流程;4個患者來源模型在scRNA-seq前處理后細胞活率達72%–95%。
02 研究內容
1.為什么只做類器官還不夠?
卵巢癌藥物反應不是腫瘤細胞單獨決定的。腫瘤周圍的 CAF、間皮細胞、脂肪細胞和細胞外基質會影響細胞黏附、生長因子信號、營養狀態、藥物擴散和應激反應。單純依賴二維細胞系或只含腫瘤上皮成分的類器官,難以充分反映真實腫瘤中的耐藥生態。
這篇文章的切入點很明確:要研究HGSC的治療抵抗,就不能把腫瘤細胞從微環境中"剝離"出來。研究團隊真正要解決的是,如何把類器官組織成一個可分析、可干預、可擴展的腫瘤微環境模型。

圖2 MC模型組成邏輯:患者來源類器官與CAF、間皮細胞及ECM組分共同構成基礎MC模型;脂肪細胞凝膠可作為可選模塊加入,以模擬大網膜轉移相關的脂肪環境。
2.第一步:建立患者來源基質細胞
MC模型的基礎不是“把細胞混在一起”,而是先獲得穩定且身份明確的基質細胞。文章分別給出了CAF、間皮細胞和脂肪細胞的獲取與培養方案,并重點提供了CAF和間皮細胞的身份驗證方法。對于新鮮實體瘤樣本,研究團隊處理來自大網膜或腹膜、肉眼可見腫瘤的組織:建立CAF時選擇無壞死、無血管、無脂肪的區域;分離脂肪細胞時則選擇含脂肪、但避開壞死和血管的區域。無脂肪區域可切成約2mm×2mm組織塊,用于建立CAF培養;含脂肪區域可切成約5mm×5mm組織塊,經膠原酶/透明質酸酶消化后收集脂肪層,用于建立脂肪細胞培養。

圖3 新鮮腫瘤樣本處理:無脂肪腫瘤區域主要用于建立CAF培養,含脂肪區域則用于分離脂肪細胞,從源頭上區分不同微環境組分。
對于冷凍保存樣本,文章提供了另一條路線:冷凍腫瘤組織消化物可建立CAF,冷凍腹水來源富集細胞懸液更適合建立間皮細胞。這一點至關重要——臨床樣本往往稀缺、分批獲得且難以即時處理,從冷凍材料中恢復并擴增CAF或間皮細胞,意味著模型建設可以更靈活地對接樣本庫和后續實驗。
細胞身份驗證是關鍵節點。CAF通常呈梭形形態,表達PDGFRβ,部分表達FAP,不表達HGSC標志物PAX8;間皮細胞呈鋪路石樣形態,表達calretinin(CALB2)。只有身份經驗證的基質細胞,才建議進入后續擴增、凍存和模型組裝。

圖4 CAF培養與鑒定:患者來源CAF呈梭形形態,并通過PDGFRβ、FAP、PAX8等標志物確認其基質細胞身份和非腫瘤上皮屬性。

圖5 間皮細胞培養與鑒定:間皮細胞表現為鋪路石樣形態,并可通過CALB2/calretinin和細胞骨架染色進行驗證。
3.第二步:用類器官、CAF、間皮細胞和細胞外基質重建MC模型
當患者來源類器官恢復增殖、CAF和間皮細胞處于活躍生長狀態后,研究者將它們共同包埋到Cultrex與I型膠原組成的基質中,形成三維dome結構。
標準方案中,MC模型含15%基質細胞(12.5%CAF+ 2.5%間皮細胞)。脂肪細胞凝膠還可連接到MC dome 上,作為模擬大網膜脂肪微環境的可選模塊。

圖6 脂肪細胞模塊加入策略:脂肪細胞凝膠可通過小體積膠原液滴固定在MC dome上方或多個dome之間,用于模擬大網膜轉移相關脂肪環境。
整個組裝過程約2小時:細胞計數后與Cultrex/I 型膠原混合基質重懸,每孔接種10個20μL dome,37℃孵育成膠,再加入含Y-27632的培養基幫助細胞恢復。模型通常可培養10–14天。
這一步的意義在于,類器官不再只是“孤立的三維腫瘤團塊”,而被放入一個由癌細胞、基質細胞和ECM共同參與的可控微環境中。
4.第三步:用mCherry和免疫熒光把癌細胞與基質細胞區分開
多細胞模型的難點在于:細胞混在一起后,如何判斷藥物殺傷的是癌細胞還是基質細胞?文章提供了兩類讀出策略。
第一類是mCherry標記患者來源類器官,使癌細胞在成像中呈紅色信號;第二類是免疫熒光染色,以PAX8標記 HGSC癌細胞,Ki67評估增殖,F-actin展示細胞骨架。通過這些標記,研究者可以觀察不同細胞在三維基質中的空間分布、增殖狀態和藥物反應。

圖7 MC模型成像讀出:免疫熒光中的PAX8、Ki67、F-actin,以及可選的mCherry標記類器官策略,可幫助識別癌細胞、評估增殖狀態,并觀察模型內部空間結構。
這讓MC模型不只是“看起來更復雜”,而是能夠進入定量分析。對藥篩而言,區分癌細胞死亡和基質細胞死亡尤其重要,因為兩者對應的轉化意義和風險判斷較為不同。
5.第四步:把MC模型微型化到384孔板,進入高通量藥物敏感性測試
為了服務藥物篩選,文章進一步建立了384孔板微型化方案。研究者將細胞-基質混合物以10 μL/孔接種到預冷384孔板中,成膠后加入40 μL培養基;第7天加入藥物處理,例如48小時后換液,第12天進行終點檢測。

圖8 384孔藥敏測試示例:MC模型可被微型化到384孔板,并結合高內涵成像區分癌細胞死亡和基質細胞死亡。
終點讀出包括CellTox Green細胞毒性檢測和CellTiter-Glo 2.0細胞活力檢測。若使用mCherry標記類器官,還可結合紅色熒光與死亡信號,分別計算癌細胞死亡和基質細胞死亡。
這套方案的亮點在于把復雜三維多細胞模型接入自動化藥篩系統:液體處理、聲學加藥和高內涵成像可以協同完成,使MC模型不再停留于低通量展示,而是具備平臺化篩選潛力。
6.第五步:將模型處理為適合單細胞RNA測序的細胞懸液
文章還給出了MC模型進入scRNA-seq的處理流程。若模型中含有脂肪細胞凝膠,研究者需先將其去除,再用I型膠原酶和TrypLE分步消化MC dome,經過濾、低速離心和質量檢查后獲得用于單細胞建庫的細胞懸液。

圖9 scRNA-seq樣本制備流程:MC dome需經膠原酶和TrypLE分步消化,獲得適合單細胞建庫的細胞懸液。
需要注意的是,脂肪細胞浮力高、細胞脆弱且體積大,與常規液滴式單細胞平臺不兼容,因此在scRNA-seq處理前需去除。這個細節也提示:模型可以更接近真實腫瘤,但不同下游技術仍有各自邊界。
在作者實驗條件下,4個患者來源模型在未處理或接受卡鉑(10 μM)與紫杉醇(15 nM)8小時處理后,經該流程處理進入scRNA-seq前,細胞活率為72%–95%。這說明MC模型不僅能提供藥物反應讀出,也能進一步解析不同細胞群在藥物刺激后的轉錄狀態。
7.這套模型的邊界在哪里?
該文是一篇protocol,核心價值在于提供可復現的 HGSC三維多細胞建模流程,而非驗證某種藥物的新療效。因此,體外藥物敏感性結果仍需結合進一步臨床驗證,不能單獨作為臨床用藥依據。該模型也有明確邊界:患者來源類器官和基質細胞的建立具有經驗性,成功率難以充分預測;實際操作中,也不一定能從同一患者或同一樣本類型獲得全部所需細胞,必要時可使用非配對基質細胞。此外,盡管模型可納入CAF、間皮細胞、ECM,并可選擇性加入脂肪細胞凝膠,但仍不能等同于完整人體腫瘤。免疫細胞、血管化、流體剪切力、藥代動力學和長期治療壓力等因素尚未充分整合。因此,它更適合作為卵巢癌微環境與藥物反應研究的平臺,而不是臨床驗證的替代品。
03 總結與展望
該項工作的核心價值不在于發現單一耐藥機制,而在于提供了一套更貼近HGSC腫瘤微環境特征的體外建模路線。該protocol將患者來源類器官、CAF、間皮細胞及ECM共同整合,并可選擇性加入脂肪細胞凝膠,構建出可成像、可藥篩、可單細胞測序的三維多細胞模型,使“腫瘤—微環境互作”從難以復現的體內現象,轉化為可調控、可分析的實驗對象。對于卵巢癌耐藥研究而言,這一模型兼具復雜性與可擴展性:相比二維培養或不含微環境組分的模型,它更能納入腫瘤微環境因素,又可微型化至384孔板用于高通量藥物敏感性測試。未來仍需在更大患者隊列、臨床療效關聯、跨實驗室復現和標準化流程方面進一步驗證。但總體來看,它更像一套可靠的“建模底盤”,為解析微環境介導的耐藥、篩選聯合用藥策略和推進精準醫學評價提供了新的實驗起點。
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