實驗型的冷凍干燥機一般是在實驗室中使用，它需要該類凍干機產品應具有性能穩定、體積小巧、更能齊全等特點。同事實驗型凍干機在結構上可以分為鐘罩型和原位型冷凍干燥機。鐘罩型凍干機一般是：凍干腔和冷阱為分立的上下結構，凍干腔沒有預凍功能（但是現在的凍干機一般都具有預凍功能），該類型的凍干機在物料預凍結束后轉入干燥過程時需要人工操作。大部分實驗型凍干機都為鐘罩型，其結構簡單、造價低。凍干腔多數使用透明有機玻璃罩，便于觀察物料的凍干情況。