除了水性介質的冷凍干燥，在藥物研究等領域，也需要對含有腐蝕性溶劑的物質進行冷凍干燥。所有這方面的溶劑的凝固點在技術上可管理的范圍內，例如二甲亞砜（共晶點+ 15℃），叔丁醇（+ 25.5 ℃），二惡烷（+ 12 ℃）或乙腈（–45 ℃）。為這種應用場景設計的凍干機具有耐化學性，這意味著它們具有改性閥門和門密封件、專用真空泵和改性冷卻系統。與通過蒸發除去液體相比，冷凍干燥的特別優點是凍干制品（粉末狀或海綿狀的，而不是粘性物質）具有較好的結構、較低的最終溶劑含量和更溫和的處理。