Q Exactive HF 做蛋白質(zhì)測試,核心是樣品干凈、酶解到位、濃度 / 溶劑適配、儀器參數(shù)匹配,下面從儀器特點(diǎn)、樣品要求、實(shí)驗(yàn)流程、參數(shù)模板與禁忌幾方面給出完整方案。
一、儀器核心特點(diǎn)(蛋白質(zhì)測試優(yōu)勢)
超高分辨:最高 240,000 FWHM@m/z200,<1 ppm 質(zhì)量精度,能區(qū)分質(zhì)量極近的肽段 / 修飾,減少假陽性。
高靈敏度 + 高速采集:AQT 四極桿提升離子傳輸,MS/MS 可達(dá) 20 Hz,適配 DDA/DIA/PRM 定量。
雙模式兼容:支持 Bottom?up(肽段) 與 Top?down(完整蛋白),適配蛋白鑒定、修飾分析、抗體 / 融合蛋白分子量測定。
二、樣品送樣硬性要求(與 HF?X 基本一致,更嚴(yán))
樣品量
2. 純度與雜質(zhì)(紅線:去垢劑 / 高聚物絕對禁止)
3. 酶解質(zhì)量(Bottom?up 關(guān)鍵)
酶:測序級胰蛋白酶(1:20–1:50,w/w),37℃,12–16 h;或 LysC?胰酶雙酶解(漏切率 < 10%,提升鑒定數(shù))Thermo Fisher Scientific。
肽段長度:7–20 aa,濃度 0.1–1 μg/μL,體積 5–20 μL。
脫鹽:C18 柱脫鹽,去除未酶解蛋白、鹽、色素。
溶劑:0.1% 甲酸水(或 5% 乙腈 + 0.1% 甲酸),避免純有機(jī)溶劑。
4. Top?down(完整蛋白)額外條件
5. 穩(wěn)定性
三、標(biāo)準(zhǔn)實(shí)驗(yàn)流程(Bottom?up,)
蛋白提取 → 定量(BCA)→ 取 50–100 μg。
還原(5 mM DTT,56℃,30 min)→ 烷基化(15 mM IAA,避光,室溫,30 min)。
胰酶酶解(37℃,16 h)→ 終止(1% 甲酸)。
C18 脫鹽 → 凍干 → 0.1% 甲酸復(fù)溶(0.5 μg/μL)。
Nano?LC?MS/MS 上機(jī)(EASY?nLC 1000 + Q Exactive HF)。
四、推薦質(zhì)譜參數(shù)模板(DDA,蛋白組鑒定)
全掃描(MS1):70,000 FWHM@m/z200;m/z 350–1800;AGC 3e6;Max IT 20 ms。
碎片掃描(MS2):17,500 FWHM;HCD 碰撞能量 27%;Top N 20;AGC 1e5;Max IT 50 ms;動態(tài)排除 15 。
色譜:預(yù)柱 Acclaim PepMap 100(2 cm×75 μm,C18,3 μm);分析柱 EASY?Spray(15 cm×75 μm,C18,2 μm);梯度 5%–30% B(乙腈 + 0.1% 甲酸),90 min,流速 300 nL/min。
五、常見拒收 / 問題與對策
峰抑制 / 無信號:含去垢劑或高鹽 → 重新脫鹽 / 換無去垢劑提取方案。
鑒定數(shù)低:酶解不(漏切率 > 20%)→ 雙酶解、延長酶解時(shí)間、降低蛋白量。
色譜柱堵塞:樣品渾濁 / 有沉淀 → 離心取上清、C18 脫鹽更。
質(zhì)量偏差大:鹽殘留 → 強(qiáng)化脫鹽、用揮發(fā)性緩沖液(甲酸 / 乙酸銨)。
六、HF 與 HF?X 關(guān)鍵差異(送樣無需調(diào)整,儀器端優(yōu)化)
HF:最高 240,000 分辨率,MS/MS 20 Hz,常規(guī) DDA/DIA 夠用。
HF?X:更高場軌道阱,MS/MS 40 Hz,掃描更快、定量更穩(wěn),適合大樣本隊(duì)列 / 高深度 DIA。
七、快速自檢清單(送樣前必查)
無 SDS/Tween/PEG/ 甘油 → ?
鹽濃度 <10 mM、無高濃度尿素 / DTT → ?
蛋白總量 ≥50 μg、純度 >80% → ?
酶解后肽段 7–20 aa、漏切率 <10% → ?
溶劑為 0.1% 甲酸水、澄清無沉淀 → ?
