高純水設備通常的污染主要有化學垢，有機物及膠體污染，微生物污染等。不同的污染表現出的癥狀是不同的。不同的公司所提出的膜污染的癥狀也是有一定的差異。

如：膜發生碳酸鈣垢污染，污染時間為一個星期時，主要表現為脫鹽率的迅速下降，壓差緩慢增大，而產水量變化不明顯，用檸檬酸清洗能恢復性能。污染時間為一年(某純水機)，鹽通量由最初的2mg/L上升為37mg/L(原水為140mg/L～160mg/L)，產水量由230L/h下降為50L/h，用檸檬酸清洗后，鹽通量降為7mg/L，產水量上升至210L/h。

鑒別污染類型要綜合原水水質，設計參數，污染指數，運行記錄，設備性能變化及微生物指標等加以判斷：

2）微生物污染：發生微生物污染時，RO設備的透過水和濃縮水中的細菌總數都比較高，平時一定沒有按要求進行保養和消毒。

4）可用1/4英寸的PVC塑料管插入組件中測試組件不同部位的性能變化進行判斷。

6）可用酸洗(如檸檬酸、稀HNO3)，根據清洗的效果和清洗液判斷鈣垢，通過清洗液成分分析進一步證實。

在確定了污染的類型后，可對膜進行清洗，然后消毒使用。在不能確定污染的類型時，通常采用0.1%HCl(pH為3)清洗。