Chromatrap ChIP相關試劑盒-相關技術文章

時間：2024/8/15閱讀：1119

Chromatrap ChIP相關試劑盒

Chromatrap公司技術領域。

Chromatrap為Porvair Science公司旗下的產品。該品牌產品主要為ChIP相關試劑盒。Chromatrap® ChIP 測定技術比傳統磁珠法的效率更高，原因是與蛋白質 A 或 G結合的固相多孔聚合物捕獲染色質的效率更高。盡管同樣是使用離心柱法，但其優勢是瓊脂糖珠或磁珠遠不可相比的

介紹

在轉錄過程中，新生RNA可以與DNA模板鏈雜交，使非模板DNA鏈成為單鏈。這些結構被稱為 R 環，它們的持續形成會對基因組完整性造成有害影響，這可能是由于未配對的單鏈 DNA （ssDNA）

盡管R環有可能在基因組的很大一部分上形成，但它們并不是轉錄的簡單結果。由于 DNA 序列、轉錄、拓撲和染色質環境的復雜相互作用，它們發生在特定的保守位點上（切丹， 2016）。在具有未甲基化 CpG 島啟動子的活性哺乳動物蛋白質編碼基因上，R 環富集在啟動子和終止位點上并增強激活，并且它們與活性轉錄的組蛋白標記相關，例如組蛋白 H3 賴氨酸 4 的單甲基化和三甲基化（H3K4me1/3）和 H3 乙酰化.R-loops可以作為轉錄激活因子，但它們也可以通過各種機制誘導不同細胞類型的轉錄抑制.R環在激活或抑制中的這種“雙重"功能強烈表明，R環的形成在不同的情況下可以具有不同的作用和機制。

Polycomb 組（PcG）蛋白是轉錄抑制的主要表觀遺傳調節因子，它們需要沉默胚胎干細胞（ESC）中富含 CpG 的發育調節基因，并維持在細胞承諾期間建立的基因表達模式它們組裝在兩個主要的多亞基復合物中：Polycomb 抑制復合物 1 （PRC1）和 PRC2。PRC1 和 PRC2 的催化組分分別為 RING1B 和 EZH2。RING1B 單泛素化賴氨酸 119 （H2Aub1）中的組蛋白 H2A，EZH2 是一種甲基轉移酶，負責賴氨酸 27 （H3K27me2/3）中 H3 的二甲基化和三甲基化。

Polycomb介導的轉錄抑制機制尚不wan全清楚。盡管它們在抑制中起作用，但小鼠胚胎干細胞（mESC）中的 PcG 靶基因顯示活性染色質標記 H3K4me3、RNA 聚合酶 II （Pol II）和一般轉錄因子。Pol II 在 PcG 抑制基因的啟動子和編碼區上檢測到，并表現出其 C 末端結構域（CTD）的絲氨酸 5 磷酸化（Ser5P），但不表現出 Ser2P 或 Ser7P，后者是生產性轉錄延伸的標志物.與沉穩的Pol II的存在一致，在一些PcG靶標

例如，轉錄本身起著一定的作用，因為僅基因沉默就可以促進PRC2募集到CpG島啟動子.建議通過PRC2（Wang 等人，2004,Boyer 等人，2006 年）。然而，非經典 PRC1（含有 RYBP 而不是 CBX）也可以通過 KDM2B 賴氨酸去甲基化酶

迄今為止，已經在人類 ESC 中探索了 PcG 靶基因上 R 環的存在，其中基于生物信息學分析檢測到正相關（Ginno 等人2013 年），在分化的小鼠成纖維細胞（NIH 3T3 系）中，報告了負相關（Sanz 等人，2016 年).因此，目前尚不清楚PcG抑制機制是否以及如何受到R環的調節。

在這里，我們使用 mESC 來探索 R 環對 PcG 抑制機制的貢獻。我們發現 R 環在 PcG 靶標處形成，R 環丟失導致 PcG 募集不足和 Pol II 的鎮定狀態改變，導致基因去抑制。全基因組分析表明，R環的形成不是低轉錄水平的微不足道的結果，并且僅發生在PcG抑制基因的一個子集上。單獨敲除組成型 EZH2 （PRC2）不足以影響 R 環或 RING1B （PRC1）募集，也不會導致 R 環陽性基因的轉錄去抑制。相反，在這些情況下去除 R 環會導致基因激活并減少 RING1B 募集。在抑制 EZH2 催化活性后，R 環和 RING1B 可以抑制 PcG 靶標。我們的研究結果揭示了 R 環和 PRC1 募集之間意想不到的相互作用，這有助于 PcG 抑制。

結果

R-環在 PcG 抑制基因上形成為了研究 R 環是否在 PcG 介導的轉錄沉默中發揮作用，我們使用 DNA-RNA 免疫沉淀（DIP 或 DRIP）分析（Skourti-Stathaki 等人，2011 年,Ginno 等人，2012 年,Ginno 等人，2013 年,Skourti-Stathaki 等人，2014 年,Sanz 等人，2016 年）在 mESC 中。我們選擇了五個先前表征的基因，即 Msx1、Math1、Nkx2.2、Nkx2.9 和 Gata4。這些基因具有注釋良好的 CpG 島啟動子，在其啟動子和編碼區富含 GC，并且在 mESC 中由 PRC1、PRC2 和穩固的 Ser5P Pol II （Stock 等人，2007 年,Brookes 等人，2012 年,Ferrai 等人，2017 年).用 RNA-DNA 雜交特異性抗體 S9.6 （Boguslawski 等人，1986 年），并使用位于含有轉錄起始位點（TSS）的啟動子（P）區域和基因體編碼（C）區域內的引物分析純化的 DNA。作為陽性對照，我們使用了高表達的活性基因 β-肌動蛋白，它在 P 和 C 區域形成 R 環（Skourti-Stathaki 等人，2011年,Skourti-Stathaki 等人，2014 年).作為陰性對照，我們使用不形成 R 環的活性基因 CyclinB1（Skourti-Stathaki 等人，2014 年）和在mESC中既不表達也不與PcG或Pol II相關的基因Myf5（Stock 等人，2007 年,Brookes 等人，2012 年).正如預期的那樣，R-環在β-肌動蛋白上富集，但在CyclinB1或Myf5上未檢測到。值得注意的是，在所有五個 PcG 抑制基因的 P 和 C 區域，R 環都特異性富集。

以下為Chromatrap公司熱銷產品

產品名稱	貨號	規格
Chromatrap ChIP-seq Pro A	500189	24
Chromatrap Enzymatic ChIP-seq Pro A	500191	24
Chromatrap ChIP qPCR Pro A	500071	24
Chromatrap Enzymatic Shearing	500165	請咨詢
Chromatrap Enzymatic ChIP-seq Pro G	500192	24
Chromatrap Premium Enzymatic ChIP qPCR Pro A	500167	24
Lysis Buffer for sonication 10ml	100001	1
Hyptonic Buffer 50ml	100007	1
DNA Extraction Columns (50)	500260	50
DNA Extraction plate (2x96)	500261	2x96
Size Selection Columns (5)	500262	5
Size selection Plate (2x96)	500263	2x96
Chromatrap® DNA Purification (columns)	500218	50
Chromatrap® Gel Purification (columns)	500219	50
UniqSeq plus library prep sonication pro A	500264	請咨詢
UniqSeq plus library prep sonication pro G	500265	請咨詢
UniqSeq plus library prep enzymatic pro A	500266	請咨詢
UniqSeq plus library prep enzymatic pro G	500267	請咨詢
5mC	700005	100ul
H3K9me2	700023	100ul
Positive Primer Set 9	800013	請咨詢
Negative Primer Set 6	800014	請咨詢
Negative Primer Set 7	800015	請咨詢
ChIP Validated H3K4me1 Antibody with Positive and Negative Primer Sets	900023	請咨詢
ChIP Validated H4K5ac Antibody with Positive and Negative Primer Sets	900024	請咨詢
ChIP Validated H4K12ac Antibody with Positive and Negative Primer Sets	900025	請咨詢
ChIP Validated H3K9me1 Antibody with Positive and Negative Primer Sets	900026	請咨詢
ChIP Validated H3K9me2 Antibody with Positive and Negative Primer Sets	900027	請咨詢
ChIP Validated H3K4me1 Antibody with Positive Primer Set	900028	請咨詢
ChIP Validated H4K5ac Antibody with Positive Primer Set	900029	請咨詢
ChIP Validated H4K12ac Antibody with Positive Primer Set	900030	請咨詢
ChIP Validated H3K9me1 Antibody with Positive Primer Set	900031	請咨詢
ChIP Validated H3K9me2 Antibody with Positive Primer Set	900032	請咨詢
ChIP Validated H3, Clone RM188 Antibody with Positive Primer Set	900033	請咨詢
ChIP Validated H2Az Antibody with Positive Primer Set	900034	請咨詢
ChIP Validated H4 Antibody with Positive Primer Set	900035	請咨詢
Chromatrap ChIP-seq Pro G	500190	24
Chromatrap HT ChIP-seq Pro A	500214	96
Chromatrap HT ChIP-seq Pro G	500215	96
Chromatrap HT Enzymatic ChIP-seq Pro A	500216	96
Chromatrap HT Enzymatic ChIP-seq Pro G	500217	96
Chromatrap ChIP qPCR Pro G	500117	24
Chromatrap Premium ChIP qPCR Pro A	500115	24
Chromatrap Premium ChIP qPCR Pro G	500116	24
H3K9ac	700024	100ul
H3K36me2	700025	100ul
Chromatrap HT ChIP-qPCR Pro A	500161	96
Chromatrap HT ChIP-qPCR Pro G	500163	96
Chromatrap HT Enzymatic ChIP-qPCR Pro A	500162	96
Chromatrap HT Enzymatic ChIP-qPCR Pro G	500164	96

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