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問： 請問從 DEGs 文件中篩選差異表達基因設置條件時，是不是要優選按 FC 篩選，再按 p 值分別篩選 20 個顯著表達的（或指定個數的）up、down 基因？還是說 up、down 基因總共篩選 10 個？

答： 這主要取決于您的具體研究目的和數據分布情況。

通常的做法：

優先按 Fold Change (FC) 進行排序或設定閾值，以篩選出變化倍數大的基因。

其次按 p 值（或 FDR/adj.P.Val）進行篩選，以確保統計顯著性。

關于數量：一般建議上調（up）和下調（down）基因分別篩選相同數量（例如各 20 個），這樣便于后續的對比分析（如 GO/KEGG 富集分析）。除非您的樣本量極小或數據質量特殊，否則不建議將上下調基因總數限制得過少（如總共 10 個）。

問： 用 GFP，RFP 基因標記為什么小動物成像系統觀察費勁？

答： 主要原因通常包括以下幾點：

熒光信號穿透深度有限：GFP 和 RFP 的激發光波長較短，組織對其吸收和散射較強，導致深層組織的信號難以被體外檢測到。

自體熒光干擾：小鼠等實驗動物的皮毛、皮膚及部分器官本身具有自發熒光，會掩蓋較弱的 GFP/RFP 信號。

信號衰減與背景噪音：在活體成像中，由于動物呼吸運動、腸道蠕動以及毛發對光的阻擋，會導致圖像模糊或信噪比降低，使得觀察變得困難。

問： 在做課題時，如果上下調基因數量不平衡，應該如何處理？

答： 正如您提到的“看需求"，處理策略如下：

理想情況：如果上下調基因數量都充足，自然很好，可以各選指定數量進行分析。

數量不平衡時：如果其中一邊（如 down 基因）數量偏少，而您的研究重點又恰好在這一邊，建議分開篩選。即上調基因按標準篩選一批，下調基因有多少算多少（或單獨設定寬松條件），以保證研究目標的完整性。這也是您課題最終采取的方法。